在9—10世纪之际建立的吴哥王朝，到苏利耶跋摩二世（1113—1150在位），完成了吴哥石窟。他信仰毗湿奴，用毗湿奴像取代神庙中原有的湿婆像；后来的阇耶跋摩七世，又用佛陀像取代了毗湿奴像。

　　阇耶跋摩七世（1181—1201在位），把吴哥王朝推向全盛期，成为柬埔寨最有威望的古代君主。他信奉佛教，以观世音为高棉人的保护神，认为他能引导人们往生极乐净土，在国内到处建造四面的观音神像，其眼半开，目光低垂，嘴含平静而神秘的微笑，被人称作“高棉的微笑”。这个时期建造了普拉沙·普兰·克迪、塔荣、帕甘和巴荣等寺，显示吴哥佛教的独特色彩。

　　塔荣寺就是普粒毗诃罗寺，建于1186年，供奉的是皇太后像，被称作佛陀之母。寺碑盛赞阇耶跋摩七世无所不能，尽管也礼赞佛法僧三宝。1191年，阇耶跋摩七世为观音建帕甘寺，寺中的菩萨像则以他的父亲为原型。他还树立了自己的等身像，刻画为病人治疗的医师和看护人的佛陀。帕甘寺的铭文说明，造寺的目的在于“在遍流敌人鲜血的土地上”以“庄严菩萨”。巴荣寺建于12世纪末，其中也有国王的黄金橡。简言之，王室造寺塑像，在很大程度上是为了振王威，敬祖先。

　　阇耶跋摩七世曾派遣有王子参加的使团前往斯里兰卡求法。这位王子当是柬埔寨上座部佛教的第一位传人，或许就是缅甸《琉璃宫史》中提到的多摩林陀。

　　阇耶跋摩七世之后，婆罗门教再次复兴，佛教式微。不过，据1292年来到柬埔寨的元朝使臣周达观在《真腊风土记》中记载，当时吴哥城依然以佛头像庄严城门，城中有20余石塔环绕的金塔。寺院僧人“削发穿黄，偏袒右肩，其下则。系黄布裙，跌足”。寺中只供释迦像，塔中诸佛皆为铜铸，相貌各异。及至经过1369—1441（或1444）年暹罗人的进攻，吴哥城三度陷落，柬埔寨急剧衰落下去。到安赞王时代（1516—1566），柬埔寨军队一度进逼暹罗的阿瑜陀耶城，很快又遭失败，1594年，首都洛韦亦被暹罗攻破。此后，始终未能摆脱附属泰国或安南的命运。1863年沦为法国的保护国， 1940年又被日本军队侵占。

　　随着退罗人的占领，上座部佛教在柬埔寨作为占统治地位的宗教确立下来，大乘佛教与婆罗门教逐步失势，终于消灭，婆罗门教的庙塔被改造安置了佛像，佛像崇拜取代了林伽崇拜。但许多寺名仍保留着印度教的痕迹，印度教或大乘佛教的一些宗教法事仍旧在民间流传。

　　在法国殖民统治期间，佛教受到法国化的打击，一度衰落不堪，僧侣和佛徒成了反抗外来侵略者的重要力量。从19世纪末到20世纪前半期，佛教作为民族文化的象征和提高民族意识的手段，有了新的复兴，涌现出不少爱国僧侣。

　　1909年，创建了巴利语学校，1914年改为巴利语高级学校；到20年代，初级巴利语学校已有400余所。50年代初，一些佛教政治家提出了佛教社会主义口号，强调佛教在立国上的作用，规定所有寺院都要举办学校。1954年，创建西哈努克佛教大学，继之成立金边佛教研究所。到60年代，出版了巴利文和高棉文三藏。与此相应，还出现了一批佛教学者和佛学著作。据1970年统计，全国共有僧侣6500余人，塔寺约3400座，佛教徒约占总人口的90％。

　　柬埔寨的国民教育，曾长期由僧侣承担。直到1963年统计，文化部管理的普通新校有1615所，学生75000人；而70年代初，属宗教部的巴利文学校则有590所，学僧有万人以上。无论是王室贵族还是庶民百姓，男孩子都要在寺庙中学习文化。通常在12岁披上黄袈裟，称小沙弥。到20岁左右，若有志于出家修行，便可受戒成为比丘。社会尊重和尚和受过寺庙教育的人。具有巴利文和佛学知识的优秀学者被称作“班智达”。由于传统的佛教教育，五戒八关斋深入民心，社会犯罪相对较少。民众日常的婚丧嫁娶都伴有一定的佛教法事。

　　柬埔寨佛教来自泰国传承，所以也分两派。大宗派在14世纪传入，多在农村活动；法宗派在1864年传入，得到王室贵族的支持。前者占全国全部寺庙和僧人的90％以上。