镰仓和室町时期，社会上常发生动乱，室叮末期进入诸侯割据的“战国时代”（1467—1573）。在战乱中，佛教的大宗派也拥有自己的武装，称“僧兵”。僧兵在平安时期已经出现，主要是保护寺院的庄园，也用来进行宗派斗争。进入鎌仓时期以后，僧兵仍然存在，以天台宗和法相宗的僧兵最有力量。战国时期，真宗、日莲宗、真言宗也拥有强大的武装力量。佛教各宗派的武装集团或联合某些大名诸侯反对另外的大名诸侯，或互相残杀。战国末奶的著名武将织田信长（1534—1582）曾攻破天台宗据点比叡山，烧毁寺院，杀戮僧人，没收寺田。他又对拥有众多农民信徒的净土真宗进行镇压。真宗也称“一向宗”，在教主显如（1543—1592）率领下建立了强大的武装组织，与地方大名联合对抗织田信长。织田信长从元龟元年（1570）开始，用了11年时间与以石山（在今大阪）为据点的真宗武装集团作战，最后在天皇的斡旋下才达成和解。他下令收回由朝廷卖给及施赠寺院的土地。在他死后，丰臣秀吉（1536—1598）继续采取削弱佛教势力的政策，曾率兵攻破以根来寺为据点的真言宗武装集团，收回领地。天正十六年（1588）下令没收僧人、农民的武器（刀狩），制定要僧人守戒、专心修行的法令。到他统一全国（1590年），佛教各派的武装已经基本解体，大部分领地被没收。

　　丰臣秀吉死后，织田信长的另一战将德川家康把持政权，1903年他取得“征夷大将军”称号，在江户（今东京）建立幕府，直到明治维新，德川幕府统治日本两个半世纪，史称江户幕府或德川幕府时期。

　　天皇仍是只拥有虚位，大权由幕府把持。幕府对从将军到大名、家臣和一般武土的上下从属关系作了严格的规定，公布“武家诸制度”、“诸士法度”，对大名及各级武士提出应遵守的法则。对全国居民按武士、农民、手工业者、商人以及“秽多、非人”（二者属贱民）的次序制定严格的“身分制度”，武士享有特权。为了巩固封建等级秩序，幕府重视文教。在以前儒学、神道都依附于佛教，此时从佛教中逐渐分离出来。京都临济宗僧藤原惺窝及其弟子林罗山是日本早期朱熹学说的著名学者。他们受到幕府的优遇，林罗山及其子孙历代为将军、幕臣讲《四书》、《五经》等儒家经典，为幕府起草政法文书及提供咨询等。在织田信长时为了对抗佛教势力，曾一度支持新传入的天主教，至丰臣秀吉时因为担心天主教被西南大名和农民用来反对幕府，改而采取禁教政策。德川幕府继续禁止天主教传播，对教徒残酷镇压。1639年幕府采取锁国政策，除允许中国、荷兰在长崎通商外，禁止与外国贸易，各国商人和传教士被驱逐。在这种情况下，幕府一方面对佛教加强控制，另一方面又利用佛教作为统治人民的精神武器。

　　总的说来，江户时期的佛教除从中国传入黄蘗宗（实属临济宗）以外，无论在宗派还是教义理论上都没有新的发展。幕府出于控制利用佛教的需要对佛教制定了各种“法度”，奖励佛学研究。幕府初期重用临济宗僧崇传（1569—1633）和天台宗僧天海（1536—1643），除请他们参与军政、外交机要之外，还命他们为佛教制定各种法度，对各宗派及寺院的职位的等级、法衣的等差、本山（总寺）末寺（分寺）的所属关系、财物的化募、新寺的建立等都有规定。各宗应在江户设代表机构，称“触头”（或称“僧录”、“轮番”、“在蕃”），经常把幕府的政令下达到本宗寺院。本山对下属各寺有严格的支配权。

　　在幕府禁止和镇压天主教的活动中也大力利用佛教。幕府强迫天主教信徒改信佛教，到佛教寺院登记并需得到寺僧开的证明。此称“寺请制”。此后下令佛教寺院设置相当于户籍的“宗旨人别帐”，对周围居民的姓名、年龄、信仰的宗派等登记入册，让僧侣监督民众，防止天主教传播。还规定居民结婚、生死、旅行等，也必需受到所属寺院的检察，有的要由僧侣出具证明。信徒全家只能信仰一种佛教宗派。寺院负责信徒的丧葬仪式，收藏骨灰，定期为信徒的祖先举办各种追荐法会，信徒要向寺院奉纳财物。这样，在寺院与信徒之间形成了一种特殊的依从关系，日本称之为“寺檀关系”。这一方面通过寺院对信徒的控制有利于幕府对全国的统治，另一方面由于僧侣处于监视民众的特殊地位，衣食有余，陷入更多的世俗事物，而日益腐败。江户时代虽出了很多有学问的名僧，但颓败的风气却是十分明显的。

　　在幕府给各宗下达的法度中，提倡僧人专心研究教义和修行。例如在给曹洞宗下达的法度中规定僧人必须有30年修行成就的资历才可出师传禅：给真言宗长谷寺的法度中规定必须住山修学20年才可传法；给净土宗的法度规定要修学15年：给临济宗京都的大德寺和妙心寺的法度规定要修行30年，参1700则公案才可得到“出世”的认可。出师、僧阶升级、担任住持，都与修学资历密切结合。因此，本时期的佛教各派都重视兴办教育事业，以培养学僧，适应本派理论研究和传教的需要。各派所办的学校名称不一，日莲宗称“谈林”，净土宗称“檀林”，曹洞宗设“栴檀林”，净土真宗有“学黉”，有些宗派在大的寺院办学。各派都出了一些著名学僧，对本派所奉的教义在理论上进行解释、论证，使之进一步系统化和深化。真言宗的赖瑜（1226—1304）著《十住心论愚草》等，对真言宗的传统教义提出新义。临济宗的泽庵（1573—1645）受到将军德川家光的皈依，有著作、歌集多种，其《不动智神妙录》从禅的立场论剑道，受到武士的欢迎。白隐慧鹤（1685—1768）也是临济宗僧，著有《荆丛毒蘂》、《槐安国语》、《夜船闲话》、《远罗天釜》等，在妙心寺等处开法传禅，语言通俗易懂，结合处世之道讲禅的精神，有时还借用俚语歌呗，深受信众欢迎。无著道忠（1653—1744）著《禅林象器笺》20卷，广引内典、外典对禅林用语进行考释，是一部禅宗辞典。此外师蛮著《延宝传灯录》、《本朝高僧传》；道契著《续日本高僧传》等，也很有名。

　　德川幕府禁止成立新的佛教宗派。在这一时期新的佛教宗派只有从中国传入的黄蘗宗。黄蘗宗的创立人是隐元隆琦（1592—1673），原是福建福清县人，曾在黄蘗山临济宗费隐禅师门下参学。日本长崎是与中国通商的港口，住的中国人很多。他们一般信奉禅宗，建了兴福寺、福济寺、崇福寺等，请中国僧人担任住持。承应三年（1654）隐元应长崎中国僧人之请赴日，先住长崎，声闻全国，后应邀到外地传禅，带弟到江户，受到将军德川家纲的优遇。此后在京都北字治受赐土地建黄蘗山万福寺，作为开法传禅之所。前来参学的日本禅僧很多。隐元的禅法属于明代盛行的“念佛禅”，主张禅净一致，从禅宗的立场修持念佛法门，认为“已身弥陀，唯心净土”，“万法唯心，心外无别法”。著有《弘戒法仪》、《语录》、《云涛集》等。弟子多为明人，嗣其法者在22代以前除一人是日本人外，都是中国人。隐元的日本弟子中有位名铁眼道光（1630—1682），集资主持《大藏经》的雕印事业，以明万历年间的《嘉兴藏》为底本（为方册本），天和元年（1681）雕印完成，共6771卷，称《铁眼版一切经》或《黄蘗版大藏经》，印量多，对后世开展佛教研究影响很大。

　　在这个时期，佛教内部的世俗化倾向有了进一步发展。有不少僧人鼓吹诸教合流，主张吸收世俗伦理道德，肯定现实封建秩序，提倡生活日用即为佛道的思想。天台宗敬光《山家正统学则》要人学儒书；真言宗宗慈《十善法语》、《为人之道》等书，说“十善”为“做人之道”，说“有人即有此道，不假外求……人人具足，物物自尔”；净土真宗本来就采取世俗生活形态，此时更强调孝行论；曹洞宗铃木正三著《万民德用》、《盲安杖》等，主张在度世日用、万事万善、五伦之道、法度、武勇的世俗生活中应用佛法，士农工商尽其职分，即为修行佛道，日莲宗知足庵《一心常安》主张“知足常乐，知止不耻”，“世事之中即有一心三观之理”。

　　随着儒学特别是朱熹学说、神道教在社会上的独立发展和影响的扩大，不少儒者和神道学者对佛教提出批评，矛头主要指向三个方面：一是佛教的弃家州世主义，认为背离忠君孝亲的伦理纲常；二是建寺造像，浪费土地财物，僧侣不劳而获；三是佛教教义中地狱天堂之说的虚妄性。针对这些批评，一些学僧著书提倡儒道佛三教一致论。他们的著作受到了中国禅僧契嵩、宗果以及袾宏、智旭、德清等人的影响，但有的结合日本国情有新的发展，如在宣传三教一致时也把神道包括进去，提出神、儒、佛一致。禅宗慧训《三教论衡》认为佛教的心性论、儒教的天命论和道教的虚无论，本无二致。白隐《三教一致之辨》说儒教的“至善”，即道教的“虚无大道”，与佛教禅的“白性本有”相同。净土宗大我《三教鼎足论》以五戒与五常的一致说明佛儒关系，以佛教的戒、定、慧三学，儒教的君臣、父子、夫妇的三纲和神道的剑、玉、镜三种神器的一致，来说明神道与儒、佛的关系：又用佛教的般若、慈悲、方便，儒教的智、仁、勇，神道的明镜、灵玺、宝剑的一致，论述神道教与儒、佛具有一致性，说三者皆“劝善惩恶”，儒佛二教也“辅翼神抵，益吾灵国”。这些理论的提出，促进了僧人对佛教以外各种知识的学习，为明治维新以后僧人从事各种社会文化事业创造了条件。