在中日文化交流史中，隋唐至宋元明对日本的影响最大。隋唐文化对日本奈良和平安文化，宋元明文化对鎌仓、室町乃至江户时期的文化都发生过直接的多方面影响。在宋元明文化输入日本的过程中，中日禅僧起了媒介和桥梁的作用。

　　中国宋代不少僧人提倡三教合一，契嵩（1007—1072）写《辅教篇》推崇儒家孝道，主张佛儒并重，说“曰佛，曰儒，曰百家，心则一，其迹则异”。此后大慧宗杲等人也提倡儒佛一致论。不少中国禅僧对儒学有很深造诣，他们东渡日本，在传禅之余也讲儒学。日本入宋求法者也受到这种影响，除学禅受法外也学儒学。

　　最早把宋学传入日本的是京都泉涌寺的俊芿。建久十年（1199）入宋学天台、禅和律，建历元年（1211）回国，除带回大量佛典外，还带回大量儒书。此后，日禅僧圆尔辨圆从宋带回朱熹注的《大学》、《孟子》及《中庸或问》、《五先生语录》（周敦颐、程颢、程颐、张载、朱熹的语录）等。他曾应诏给龟山天皇讲“三教微旨”和“禅要”，为后嵯峨上皇及文武官员讲《宗镜录》，并为掘河源太师写《三教要略》。他还为幕府执权北条时赖讲《大明录》。《大明录》是宋未居士圭堂编的，引禅宗语录80余种，从禅宗的立场系统论述儒释道三教一致的思想。辨圆对日本朝廷、武士及禅宗界重视儒学及三教一致思想，影响很大。

　　中国入日本传禅的僧中，兰溪道隆和一山一宁对传播宋学最有影响。兰溪在上堂传授禅法时常借用儒学《四书》中的思想进行发挥，现存《大觉禅师语录》中有的地方讲“天下大事非刚大之气不足以当之”，“世间之法既能明彻，则出世间之法，无二无异”（卷上）：有的地方对周敦颐《通书》中的“圣希天，贤希圣，士希贤”的观点进行发挥，说：“盖载发育，无出于天地，圣人以天地为本，故曰圣希天；行三纲五常，辅国弘化，贤者以圣德为心，故曰贤希圣；正身诚意，去佞绝妄，英士蹈贤人之踪，故曰士希贤……”（卷中）通过对僧侣参禅者说禅，把宋儒的哲学杂揉到佛法之中。一宁在传禅之余还就“儒道百家、稗官小说、乡谈俚语”（《行记》）等方面回答僧俗信徒的谘询。后来著名的汉学僧人虎关师鍊、雪村友梅曾从他受学。

　　在日本文化史上所谓“五山”禅僧的贡献很大。“五山十刹”是在全国禅寺中选出五个规定为最高位的寺院，在它们之下再置十所禅院。据说这种制度是仿照南宋的做法。鎌仓末年在嫌仓开始设立建长寺、圆觉寺等为五山，此后又扩大到京都，把南禅、建仁、东福诸寺也列于五山之中。但“五山”未必是五寺。到室町幕府足利义满时才正式制定“五山十刹”之制。至德三年（1386）规定把京都的南禅寺置于五山之上，以京都的天龙、相国、建仁、东福、万寿五寺和鎌仓的建长、圆觉、寿福、净智、净妙五寺共同作为全国的五山。所谓“十刹”，是地位仅次于五山的十座寺院，虽有建置，但变动次数很多，到15世纪末已达46座。在五山之上设“僧录”一职，负责任免五山十刹及著名禅寺的住持及有关诉讼裁判、接受寺田、缴纳税金等事务，后来还为幕府起草政治外交的文书。所谓“五山禅僧”泛指在五山十刹及在它们影响下一切官寺中的禅僧，一般不把临济宗中的“反主流派”的“应灯关派”和曹洞宗包括在内。

　　祖元的佛光派禅系在高峰显日之后出了梦窗疏石（1275—1351）非常有名。他受到室町幕府的开创者足利尊的皈依，并为“七朝帝师”而受到朝野尊重。他劝幕府建天龙寺，为解决资金问题，派贸易船入元经商，以其利金充造寺之用。著有《语录》、《西山夜话》、《梦中问答》、《和歌集》等。弟子有无极志玄、春屋妙葩、龙湫周泽、义堂周信、绝海中津等，是五山禅僧中的重要人物。春屋妙葩（1311—1388）首任僧录，以京都相国寺为中心，在全国盛倡临济禅风，著有诗文集《云门一曲》及《语录》等。他主持出版了多种佛书和外典著作，对五山文学的发展促进很大。从他开始，陆续出版了许多书籍，后世称为“五山版”，其中有《五灯会元》、《禅林僧宝传》、《百丈清规》、《圆悟心要》、《黄龙子世录》等等。所印《辅教篇》十分流行。

　　虎关师鍊（1278—1346）前后从一山一宁及东山湛照学禅，善写汉诗汉文，除用汉文写了日本最完整的一部佛教史书《元亨释书》30卷外，又写了《济北集》20卷。此书前6卷为诗稿，7卷以下为文稿，11卷是诗话，最后2卷是论述宋学，对《大明录》及朱熹、司马光的观点作了批评。继其学的有中岩圆月，他写有《东海一沤集》、《一沤余滴》、《中正子》、《文明轩杂谈》等，被认为是当时朱子学的泰斗。师的另一弟子雪村友梅所著《岷峨集》也颇有名。

　　义堂周信（1325—1388）对汉学很有造诣，认为孔孟之书属“人天教”，可作为“助道”的参考，从这个意义讲“儒书即释书也”。因此他钻研儒学，写有《空华日工集》及《空华集》。他的同学绝海中津的诗文集《蕉坚稿》也是五山文学的代表著。到室町中期以后，出了一些从事汉籍注释的禅僧。瑞溪周凤（1392—1473）精于苏拭的诗，收集诸说撰《脞说》25卷、《补遗》1卷。又写有《善邻国宝记》、《卧云日件录》、《刻楮集》等。《善邻国宝记》是日中、日朝往来的外交文书集，其中也对幕府外交政策提出自己的见解。此后以抄释著称的有桃源瑞仙（1431—1489）。他好读儒释之书，抄《史记》、《周易》、苏轼诗文等，著有《史记抄》、《百衲襖》（抄《周易》）、《蕉雨余滴》等。此外，桂林德昌撰《史学提要抄》。天龙寺的策彦周良（1501—1579）曾作为遣明正史两次入明考察贸易，写有《谦齐杂稿》、《谦齐诗稿》、《南游集》，又写入明游记《初渡集》、《再渡集》，是研究室町时期中日交通和中国当时佛教情况的宝贵资料。

　　在宋学，特别是程朱理学方面，五山禅僧在传播和研究方面做出重要贡献。东福寺的岐阳方秀（1361—1424）对朱熹新注《四书》加以“和训”，即在汉字旁用日文假名译出大意，使不懂汉文的人可以大体读懂。他还著有《不二遗稿》。门下惟肖得岩、云章一庆等弟子比较有名。得岩为幕府掌外交文书，一庆以讲学著称，曾讲《百丈清规》，想整肃禅林，弟子笔录为《百丈清规桃源抄》（或作《云桃抄》），对程朱学说多有介绍。桂庵玄树（1427—1508）曾在建仁寺、东福寺学《四书》新注，应仁元年（1467）随遣明使入明，在苏杭之间留学7年，精《尚书》，回国后到萨摩藩（今鹿儿岛），受到该藩领主岛津氏的厚遇，为他建寺请他讲学。桂庵在此讲授宋学，并刻板印行新注《大学章句》，此为日本刊行朱熹新注之始。他把方秀的和训方法加以改进，授与门人，后人称为“桂庵和尚家法和点”。各地前来听玄树讲学的学人很多，据说明朝有人赞叹：“萨都新兴仲尼之道，移东鲁之风。”他著有《岛阴渔唱》、《岛阴杂著》、《南游集》等。五山禅僧对宋学的宣传和研究，为江户时代儒学摆脱佛教而独立奠定了基础。江户时代朱子学的开创者藤原惺窝出身于相国寺，林罗山出身建仁寺，山崎阇斋出身妙心寺。

　　由于中日禅僧的往来，水墨画也开始盛行。在禅宗内部，师傅传法于弟子时往往授以自己的“顶相”（肖像）作为印可的证明，上面还提上赞辞。日僧辨圆、绍明、道元等人都从中国带回先师的顶相。禅宗崇尚自然，也推动了以山水自然为内容的水墨画的盛行，禅僧中的默庵、可翁是早期的水墨画家。东福寺的兆殿司（吉山明兆，卒于1431）以画佛画人物著称。周文不仅善画。而且精干雕刻，他的清雅的笔法对后世画坛影响很大。最著名的画僧是雪舟等杨（1420—1506），曾入明跟李在、长有声学画法，所绘《山水长卷》、《秋冬山水图》、《天桥立图》等十分有名，对后世狩野派、云谷派、长谷川派很有影响。此外，禅宗对日本的书法、雕刻、造园艺术以及花道、茶道、能乐、俳句等也有很大影响。

　　室町时期，禅宗名僧受到幂府和各地大名领主的重用，常参与军政外交机要。他们或作为幕府的使者斡旋于幕府与各地大名之间，或作为国使出使中国和朝鲜。外交文书由禅僧起草。从公元1401年到1547年的近150年之间，与明的正式十多次外交，几乎全派禅僧担任使节。