1868年至1873年，随着德川幕府的垮台，地主资产阶级拥立以明治天皇为首的中央集权国家进行一系列改革，史称“明治维新”。明治政府以所谓“富国强兵”、“殖产兴业”和“文明开化”的三大政策作为指导改革的总方针，积极推动政治、经济和文化教育的发展。在宗教方面，由于在“王政复古”和倒幕运动中神道教起了动员舆论和维系人心的作用，明治政府成立后被定为国教。明冶天皇颁布《神佛分离令》，使神道教完全脱离佛教而独立，在政府八省之外设置“神祗官”（后改神祇省）。接着又下诏置“宣教使”到处宣传“皇统神圣”、“皇道至上”的神道教义，明确实行“祭政一致”的制度。废除因皇室、贵族出家而形成的特权寺院（御所、门迹、院家等），没收一切寺院领地，废除僧位、僧官；规定僧侣是一种职业，应称姓氏；解除官府禁止僧人食肉、娶妻、蓄发的禁令等。在维新过程中，不少地方发生了“废佛毁释”的运动，寺院佛像被毁，经书被焚，僧侣被迫还俗。由于农民信徒的激烈反抗，“废佛毁释”没有在全国展开。此后，在民部省设寺院寮管理佛教事务。1872年政府置教部省，命神道教的神官和佛教僧人担任“教导”（共十四级）向全国人民宣传“三条教则”，即：“敬神爱国”，“天理人道”，“奉戴皇上，遵守朝旨”，为巩固立宪制天皇专制统治和维新政策服务。此后在东京成立“大教院”，各地成立“中教院”，各宗寺院成立“小教院”，混合吸取神道和佛教、儒教的学说，也吸收西方文化，培养“教导职”人员。教部省命令各地教导人员向民众灌注“神德皇恩”、“人魂不死”、“天神造化”和“君臣、父子、夫妇”等说，佛教也就被用来配合神道教进行这种“敬神忠皇”，维护新政的宣传。

　　让佛教完全依附神道的做法，在佛教内部引起强烈不满。净土真宗本愿寺派的梅上泽融、岛地默雷、赤松连城等人在1872年曾到欧洲视察，回国后上书教部省，把他们见闻到的欧洲宗教盛行情况及教化意义作了介绍，并提出《三条教则批判》，要求信仰自由。明治政府采纳了他们的建议，废除“大教院”，在各宗设置学校，又废除教部省，将其事务移到内部省社寺局。明治二十二年（1889）颁布《大日本帝国宪法》，规定“日本臣民在不妨碍安宁秩序及不违背臣民义务的条件下”可以享有“信教自由”的权利。此后，佛教在新的历史时期又有发展。下面从5个方面进行简要介绍。

　　（1）寺檀关系的弛缓。德川幕府为防止基督教的传播，曾授权佛教寺院掌管户籍，形成严格的寺檀关系。寺院依靠信徒的奉献和由幕府、大名施舍的土地，保持丰厚的经济来源。明治政府以神道教为国教，建立以神社为中心的“氏子”（当地神社的信徒）制度，在有限的“信教自由”范围内允许基督教传播。这样，佛教原有的寺檀关系基本瓦解。明治政府又把寺院原有的领地收归国有，这对以领地为主要经济来源的天台宗、真言宗、禅宗、净土宗，是很大打击。当然，上缴领地并不意味着寺院完全没有土地，由开垦或以买卖方式得到的土地仍归寺院所有，原由大名领主施舍的土地也可以用钱赎买。因此，寺院除从信徒那里取得贡物外，也把土地出租，从佃农那里索取租米等。旧的寺檀关系虽已破坏，但信徒仍到寺院祭祀祖先、举行丧葬仪式及传统信仰活动，寺檀关系仍在相当程度上存在。

　　（2）佛教宗派在组织上的中央集权化。1882年规定神道教和佛教各派都设“管长”。规定各宗设“总本山”，各派设“本山”，各宗各派都设有“管长”，负责委派寺院住持及制定各种宗寺法规等等。“管长”的名称各宗派不尽一致，如天台宗称“座主”，真言宗称“长者”，曹洞宗称“贯首”等。各宗在东京设本山的办事处（支所），地方上设教区，置教务所。按选区选宗议员，组成各宗的议会，定期召开决定宗制寺法等事项。

　　（3）明治政府鼓励各宗办学，一些学僧为振兴佛教也致力佛教教育事业。从明治初年到大正年间（1912—1926）佛教各派兴起不少大学，著名的有净土真宗大谷派创立的大谷大学，净土真宗本愿寺派的龙谷大学，曹洞宗的驹泽大学和东北福祉大学、爱知学院大学，临济宗的花园大学，真言宗的高野山大学和由真言宗智山派、丰山派、天台宗、净土宗四宗派联合创立的大正大学，日莲宗的立正大学，净土宗的佛教大学等。佛教学者井上圆了（1858—1919）创办哲学馆，后发展为东洋大学。此外还有不少由佛教宗派创立的中小学。当然，由佛教宗派创立的学校除负有讲授宗教学培养佛教人才外，也广设文理其它学科，培养文教科技人才。

　　（4）佛教和社会政治活动

　　在明治维新以后，佛教虽然没有以前那种特殊地位和影响，但从整体来看，它仍依附于君主立宪的地主资产阶级政权，为它服务，其中传统教团表现尤为突出。大正时期佛教僧人获得参政权，各宗管长联合组成“佛教护国团”。在国家日益法西斯化，向外推行侵略扩张时，一些传统教团表示“护持天皇制，战争协力”。1940年为适应战争体制，政府公布《宗教团体法》，对各宗派进行合并统编，把原来的十三宗五十六派编为十三宗二十八派。神道教、佛教、基督教联合组成“大日本宗教报国会”作为“大政翼赞运动”的一环，开展拥护战争的宣传和资助活动。

　　然而从明治开始，佛教界内部就出现了一些有民主意识的学僧，对日本的军国主义和侵略政策进行批评。禅宗的内山愚童（1874—1911）认为“佛道是一种基于牺牲精神的实践”，在《入狱纪念·无政府共产》一书中提出不缴租米，拒绝征兵，否定天皇制的思想。真宗的高木显明著《我是社会主义》一书，以释迦牟尼为“灵界的社会主义者”，以亲鸾为平民的朋友，否定权力和财富，认为反战和和平是符合“真谛”之道的。也有不少学者提出各种对佛教进行改良的主张。

　　这里应该特别一提的是日本佛教团体所兴办的“社会慈善事业”。早在中世纪，一些寺院也举办济贫、治病施药等社会事业，但在明治维新以后带有新的意义。传统佛教教团根据“王法为本，镇护国家”的说教，主张通过传教和举办社会福利调和社会矛盾，防止革命思想的深入传播。1911年召开“大日本佛教大会”，宣言“佛教是国家风教的基础”。有些传统教团，如真宗本愿寺派和大谷派，成立了专门的慈善机构，开展救贫、救灾、军事援助、医疗护理、保护儿童，以至到军队传教、到监狱教诲等等。1928年召开了以神道教为主的“日本宗教大会”，佛教、基督教也有代表参加，决议提出以宗教教导国民思想，使宗教成为“共产主义思想的防护堤”。佛教界一部分上层追随政府的侵略政策的言论和行动，受到教团内部和广大人民的批评和抵制。

　　（5）日本近代以后的佛教研究

　　明治维新以后，日本佛教学者通过到欧美、印度、斯里兰卡的留学考察，并通过吸收西方的科学文化思想，对佛教采取西方社会学和历史学的方法进行研究，又借助汉、梵、巴利、藏语文献的对比研究，在佛典的研究和整理佛教历史、教义、艺术等多方面取得丰富的成果。南条文雄在英国马克斯·缪勒帮助下所编的《英译明藏目录》，高楠顺次郎主编日译的《南传大藏经》，高楠顺次郎、渡边海旭等人主编的《大正新修大藏经》等先后问世。在佛教史研究上，村上专精、鹫尾顺敬等人编辑《佛教史林》杂志，宣传以近代史学方法研究佛教历史；村上所著《日本佛教史纲》比较有名。在佛教哲学研究方面有井上圆了的《外道哲学》、《印度哲学纲要》，本材泰贤的《印度哲学宗教史》、《印度六派哲学》、《原始佛教思想论》等，字井伯寿的《印度哲学研究》（有多种著作）等。在辞书编纂方面，织田得能的《佛教大辞典》、望月信亨的《佛教大年表》、《佛教大辞典》等在佛学界受到好评。此外，不少日本学者在研究中国、日本的佛教方面也做出很多成绩。

　　从明治中期（19世纪末）以来，日本的净土真宗本愿寺派、大谷派、真言宗、曹洞宗、净土宗、临济宗、日莲宗等开始海外传教活动，在夏威夷、美国、加拿大、墨西哥、巴西等地的日本移民和土著居民中传教，设置传教场所，派遣专职传教人员，随着年代的推移取得很大进展，其中尤以真宗本愿寺派、曹洞宗获得的信徒最多。

　　第二次世界大战结束，日本社会发生了深刻的变化。从美国军队占领到1951年《旧金山和约》和《日美安全条约》的签订，美国以“盟军”最高司令部的名义在日本公布了一系列法令条例，对日本进行“民主化”改造。1945年颁布《废除对政治、民权和信教自由的限制》和废除神道教国教地位的《神道指令》；

　　1946年让天皇发布《人间宣言》，公开否定天皇制神话，宣布天皇是人不是神；不久又发布法令实施有偿农地改革，废除封建租佃关系；1947年颁布《日本国宪法》，对“信教自由”和“政教分离”作了明文规定。1945年公布《宗教法人令》以代替战时的《宗教团体法》，规定信教自由，使佛教在战时被强制统编的宗派，又重新分离，成立新的教团，登记的教团达270个。1951年公布新的《宗教法人法》。1964年登记在册的佛教教团为165个，以净土宗、禅宗、日莲宗的势力最大，其次为真言宗、天台宗，教徒最少的是奈良佛教系的法相宗、华严宗和律宗。

　　战后宗教也发生很大变化。神道教（神社神道）降为民间宗教之一，原先对文化、教育和其他宗教的强制指导地位被取消了。原设在内务省管理全国神社的“神祇院”改为民间宗教团体“神社本厅”，由国家管辖的陆海军宗教设施“靖国神社”也改为民间的宗教设施之一。由于美国占领军总部积极支持基督教，美欧传教士大量进入日本传教，同时以物资援助。在六十年代以前基督教得到迅速发展。在佛教方面，由于城市寺院在战火中受到破坏，农村寺院在农地改革中失去旧有的土地和租佃关系，再加上农村人口大量集中到城市，传统佛教无论在信徒数量还是在社会影响上都曾出现急剧下降的趋势，大量僧侣还俗从事教育、文化和国家公务员工作，有些僧侣虽未还俗，也兼职其他工作。此外，不少佛教团体、寺院积极兴办托儿所、幼稚园、旅馆、学校和各种观光事业。随着50年代日本经济的恢复，传统佛教开始回升。战后日本宗教界的一个突出现象是新兴宗教崛起，它们大都是根据传统宗教的某些教义吸收西方宗教以至哲学的部分思想创立起来的，既有神道系的，也有佛教系的，有的在战前已经存在而在战后迅速发展起来，有的全是战后的新创。佛教系统的日莲正宗创价学会和立正伎成会等新兴宗教，以其新的教义和生动活泼的传教方式吸引了大量信徒，对社会影响较大。

　　据1986年日本文化厅《宗教年鉴》统计，日本教徒人数总计有2 亿2300多万，其中神道教徒1亿1500多万，佛教徒9200多万，基督教徒168万，其他宗教信徒1400多万。不少居民兼信两种以上的宗教，因此教徒人数远远超过人口总数。在佛教中信徒最多的是日莲宗系教团，有3473万人，其次是净土宗系，有2005万人；此外，真言宗系是1542万人，禅宗系是937万人，天台宗系是312万人。佛教系的新兴宗教主要出在日莲宗系，其中信徒最多的是日莲正宗创价学会，有1729万人，其次有立正佼成会，信徒有620万人，灵友会有信徒299万人。

　　日莲正宗创价学会简称创价学会，是日莲宗派别之一的日莲正宗的在家信徒组织。创立于1930年，原称“创价教育学会”。创始人是东京的小学教员牧口常三郎（1871—1914）和户田城圣（1900—1958），创办会刊《价值创造》。牧口著有《创价教育体系》和《价值论》，把新康德主义“真、善、美”的价值论加以改造，认为真理属于认识论范畴而不是价值，只有“利、善、美”才构成价值的内容。认为生活的目的是“追求幸福”，而幸福是通过获得“利、善、美”的价值来实现的。教育的目的是培养创造“利、善、美”价值的人才。牧口是虔诚的日莲正宗信徒，说信仰日莲正宗是创造和获得价值的最好方法和途径。学会刚创立时人数很少，主要是小学教员。1943年会员发展到8千人。此时正值日本对外进行侵略战争，对内实行高压统治之时。牧口和户田由于拒绝接受神符和批判神道被政府以“违反治安维持法”和“不敬神社”的罪名逮捕入狱，学会被取缔，牧口死于狱中。

　　战后，户田出狱重新开展活动，1946年恢复组织，改名“价值学会”，自任理事长。1951年任会长。户田提出“折服大行进”（传教大进军）的口号，在全国范围开展大规模的传教活动，在组织上成立“青年·男子部”（四部队）和“青年·女子部”（五部队）作为传教的骨干力量。学会发展极为迅速，1951年末有信徒5700户，1955年达30万户，近70万人，并通过参加竞选，进入地方议会，第二年又进入参议院，学会成为政治性宗教团体。

　　1958年户田去世，学会实际由青年部长池田大作领导。他继续推进传教活动，1960年就任第三任会长，对创价学会的理论和组织部有很大发展。1961年学会号称有信徒300万户，800万会员，1970年达到750万户，1000多万会员。池田重视参与社会政治，1961年成立“公明政治联盟”，在第二年的参议院选举中有九人当选，组成“公明会”。1964年正式建立“公明党”。1965年公明党在参议院中已拥有20个议席，成为参议院中的第三政党。1969年在众议院选举后又成为众议院内第三政党。进入70年代以后，由于创价学会与日莲正宗本山的矛盾以及学会内部的矛盾，再加上社会上对学会某些政教合一言论（如成立“国立戒坛”、“王佛冥合论”）的批评，教会发展处于停滞状态。1970年池田宣布创价学会与公明党实行“政教分离”，但同时表示创价学会仍是公明党的“支援团体”。此后公明党作为一个独立政党开展活动。

　　创价学会重视向国外传教，在世界70多个国家都有它的信徒。会员最多的是北 美洲，其次是拉丁美洲、东南亚地区。国外的创价学会一般称“日莲正宗”，信徒估计在30万人以上，有相当大的部分是日裔居民，但当地居民近年也有增加。创价学会为加强对国外组织的指导，1974年在东京设立“日莲正宗国际中心”。1975年在关岛举行第一次日莲正宗国际会议，有51个国家或地区的代表参加，正式成立“国际佛教徒联盟”，秘书处设在美国。在这次大会上推举池田大作为世界日莲正宗创价学会第一任会长。

　　创价学会的基本教义是日莲正宗的“三大秘法”和牧口、户田的“价值论”、“生命论”以及池田的“佛法民主主义”、“人性社会主义”、“地球民族主义”。池田认为，这套学说既不属于共产主义，也不属于资本主义，而称之为“第三文明”。

　　日莲正宗奉《法华经·寿量品》中与宇宙共存的“成佛以来，甚大久远”的法身沸为最高佛（本佛），以《法华经》为一切沸法的精髓。认为进入所谓“末法”时代以后，世人仅靠《法华经》已不能成佛，要靠日莲创立的佛法，即七字的“法华经”——“南无妙法莲华经”才能成佛。此七字的教义由“三大秘法”构成，即：本门的本尊、本门的题目、本门的戒坛。“三大秘法”与日莲宗所主张的“三大秘法”基本相同，但认为，作为“本门的本尊”即“大御本尊”，是供在日莲正宗总部大石寺中的书有“南无妙法莲华经”七字的楠木板制的曼荼罗（相当于牌位、供像），说它是日莲当年亲手所写（日莲宗其他派别认为是伪造），是“宇宙生命”的体现者。信奉这一曼茶罗并念诵“南无妙法莲华经”七字“题目”，即可改变不好的宿命，祛灾治病，生活无限幸福。又据“十界互具”的教义，说信奉并称念《法华经》七字题目，可以引发自己内心先天所具有的“佛界”，达到觉悟，使“人性”（“人间性”）圆满实现，与宇宙生命合一。

　　“生命哲学”和“价值论”是创价学会的哲学理论基础。认为世界万物的本原既不是物质，也不是精神，而是所谓“色心不二”的生命，宇宙本身就是一个大的永恒的生命体。人死之后，生命复归宇宙生命之中，“遇缘”再生，成为新的生命。宇宙生命的本质用佛法来表示，就是“妙法莲华经”，日莲用一幅“大御本尊”把这个原理显示出来。只要人们信奉它，就是归依宇宙生命，就会改变由前生的“业”带来的宿命，充满力量去创造和获取“利、善、美”的价值，得到幸福。

　　创价学会以“王佛冥合论”作为它的社会政治理论。所谓“王佛冥合”是说政治与佛法合一，国家政府和个人幸福一致。认为通过王佛冥合，贯彻生命哲学和慈悲精神可以实现“社会繁荣和个人幸福相给合的理想社会”，解决资本主义和社会主义都不能解决的问题。这就是“佛法民主主义”。而所谓“人性社会主义”据称是“以王佛冥合思想为基础，以尊重人性为基调，实现社会繁荣和个人幸福相结合的理想的社会形态”。创价学会的“地球民族主义”，就是建立以日莲正宗教义为指导的，世界各民族作为“统一地球民族”的“世界联邦”。在国际事务中创价学会主张裁减军备，废除核武器，反对战争，积极开展和平运动。对中国表示友好，主张不断增进两国人民的友谊和两国友好睦邻关系。

　　灵友会，原于1919年由东京的一位木匠久保角太郎（1892—1944）和日莲宗信徒若月妙心、户次贞雄创立，但为时不久发生分裂。1925年久保又与小谷喜美（1901—1971）合作重新建会，自任理事长，小谷任会长，在关东大地震（1923年）结束不久社会惶恐不安的气氛中，大力传教，到30年代取得较大进展。据1934年统计教徒达1000余人，设有5个支部、8个法座（教徒基层组织），而到1937年教徒达1500人。在这期间灵友会发生分裂，原来的传教骨干冈野正道自立“孝道教团”，高桥觉太郎组成“灵照会”，庭野日敬和长治妙佼组成“立正交成会”等。日本侵华战争期间，灵友会拥护军国主义战争政策，强调“国家主义、天皇崇拜”，鼓吹“忠君爱国”，因而受到政府的保护而继续得到发展。战后，日本经济困难，广大人民衣食不保，精神空虚，各种新兴宗教利用这个机会大力开展传教活动。灵友会提出“思想善导，社会净化”的口号，并在中小企业主、家庭妇女和农民中利用祭祠祖先、各种巫祝方术，祈求开运得福、工商繁荣以及治病等等，信徒增加很多，到1948年信徒达到30万户，一年之后增至50万户。此后，从灵友会又分出“博爱同志会”、“妙智会”、“法师会”、“佛所护念会”等新兴宗教。灵友会为此进行了改建工作。1954年，灵友会成立青年部，由久保继成担任部长，推进传教活动。1964年在伊豆建“圣地弥勒山”

　　作为青年信徒修行和教徒朝拜之所。1971年小谷死后久保继成担任会长，教团又有较大发展。久保重视向国外传教，在总部设海外传教局，在欧美和东南亚一带积极传教，扩大信徒。

　　灵友会的教义是法华信仰和日本民间巫术、密教咒术以及祖先崇拜的混合产物。认为《法华经·见宝塔品》中的“平等大慧，教菩萨法，佛所护念，分别广说”是《法华经》的精髓。所奉的经典有“法华三部经”：《无量义经》、《法华经》、《观普贤经》和《南无弥勒菩萨经》。信徒朝夕讽诵的是久保角太郎节录“法华三部经”编的《青经卷》。本会发挥“佛所护念”的思想，提倡“在家佛教”，把佛教信仰与祭祠祖先的习俗密切结合。认为祭祀供养祖先的亡灵也就是修持佛法的“菩萨行”。自己的灵魂和祖先的亡灵与三界的万灵相通，供养自己祖先之灵也就是供养三界万灵。由此可以得到三界万灵的保护，达到家庭幸福，国家安泰。灵友会总部授予会员的祖先之灵以“总戒名”，书写颁授给会员作为供养祭祀之用（相当于牌位）。

　　立正佼成会，1938年由灵友会的干部庭野日敬和长治妙佼脱离灵友会而创立，总部设于东京。开始称“立正交成会”，含义是“立于正法，与人交往，成就佛果”。成立时只有会员30人。庭野出身于农民家庭，后到东京做过煤店工人，经营过咸菜店、牛奶商店。他学过日本民间流行的以五行、日历和姓名笔划占卜吉凶的方术，加入灵友会后又接受《法华经》信仰和供养祖先亡灵的说教。长治是位妇女，原是天理教信徒，卖过冰和烤红薯，会巫术（“灵能”），通过跳神感灵附身传教。

　　1941年立正交成会发展到1000人左右，战后发展迅速，1950年会员600oo户，1955年会员100万人。1957年长治去世，庭野日敬会长在教理方面进行改革，去掉一些巫术成份，对教义作了新的解释，在组织上加强自上而下的领导体制，并积极参与政治，动员选民支持自民党和民社党的竞选活动。1960年为了表示对长治的纪念，把会名改为“立正佼成会”。到70年代会员达300多万人，全国设有20个教区，170多个支部，并积极向国外传教。立正佼成会发展成为仅次于创价学会的新兴宗教团体。

　　立正佼成会以《法华经》为基本经典，以此经中所说的“久远实成”的释迦牟尼佛为本尊，以实现“寂光土”（佛国）为目的。在会员应遵守的“纲领”中规定：“认识佛教本质的济世教法，立足于在家佛教的精神，为达到人格完成的目的，应勤于以信仰为基础的行、学二道的研修，指导他人并致力于自己的修习，为达成家庭、社会、国家、世界和平环境（常寂光土）的建设而努力从事菩萨行。”教义受佛教、神道和民俗信仰的多方面的影响，提出“妙、体、振”的神佛与人的互相感应的宗教理论。认为“妙”是看不见的神佛，“体”是神佛显现的世界一切现象，“振”是万物的运动。说人通过“振”而知“体”，进而感到“妙”的真实存在。构成人行为成功与失败的因缘是“体”，而要摆脱坏因缘，得到好因缘，就应信奉神佛，祈求保佑。受灵友会的影响，强调祭祀祖先，并相信所谓“九字”（“临兵斗者皆阵列在前”）、“六曜”（在日历中按“大安”、“赤口”等六项排列的吉凶日）、“方位”、“七神”（谓人体有“七神”支配）的占卜方术。

　　立正佼成会在1951年与日本PL（“完全自由”的英文编写）教团等新兴宗教团体联合组成了“新日本宗教团体联合会”，此后发展到有81个团体参加的新兴宗教联合组织。由于立正佼成会是其中最大的宗教团体，故一直对该联合会掌握支配权。它通过这个组织在竞选中推荐和支持自民党、民社党议员。立正佼成会响应梵蒂冈提出的“教会一致运动”，主张世界上各个宗教对话，积极支持“世界宗教徒和平会”（WCRP）的反对战争、主张裁军、维护世界和平的活动。庭野日敬是该国际组织的积极发起者之一，现为该组织的日本委员会的委员长。