平安时代后期，随着班田制的破坏，庄园制有了很大发展。拥有强大庄园经济势力的公卿贵族在朝廷占有重要地位。藤原氏一族庄园遍国，身为外戚，从9世纪中叶到11世纪末的200年间以“摄政”、“关白”名义垄断朝政，天皇大权旁落。10世纪以后，以直接经营庄园的庄官和郡司、土豪等为代表的武士阶层兴起。天皇在与藤原氏争权夺利的斗争中常借助地方武士的力量。在这当中，佛教寺院曾起了特殊作用。白河天皇（1053—1129）退位后自任上皇（1086年），没“院厅”听政，此后出家称“法皇”继续听政，白河天皇后，鸟羽、后白河、后鸟羽诸天皇都在成年出家称“法皇”掌握实权，史称“院政”。院政实际是皇室联合下级贵族和地方武士反对藤原氏势力的政权形式。院政末期，武士阶层以皇室出身的地方豪族源、平二氏为中心形成关东和关西两个武士集团，它们之间互相斗争，平氏集团一度获胜掌握政权。公元1185年，以源赖朝为首的关东武士集团灭平氏，夺得政权。

　　源氏在镰仓设立幕府，开始了幕府执掌政权的武士统治的时期。镰仓幕府结束（1333年）后，经历了室町幕府（1338—1573）和江户幕府（1603—1867）两个时期，都是幕府掌握实权，天皇只拥有虚位。

　　在这一期间内，日本封建社会的政治、经济有很大发展，兴起不少城市，文化教育也越来越普及。在宗教方面，镰仓时期产生的一些带有民族特色的佛教宗派发展迅速，旧有的佛教宗派也吸收日本民间信仰和习俗有新的变化。此外，还从中国传入了禅宗的临济、曹洞二宗，受到以幕府为首的武士的支持。