原分布于额尔古纳河流域的蒙古人，在成吉思汗的率领下，统一大漠南北，于1206年建立蒙古汗国。1260年，忽必烈在开平（内蒙古正蓝旗东）即帝位，1271年定都大都（北京），国号大无。1279年消灭南宋，征服全国，成为汉唐以来中国历史上版图最大的王朝，其疆域东起海岸，西到新疆，南至海南，北领西伯利亚大部，东北起自鄂霍次克海，西南囊括云南西藏。到1368年朱元璋攻克大部为止，有元11帝，98年。

　　从成吉思汗时起，蒙古统治者就试图把喇嘛教作为联系西藏上层的重要纽带。西藏归顺蒙古后，忽必烈特别支持萨迦派的发展。建都燕京后，以八思巴为国师、帝师，统领天下释教，推动了喇嘛教在藏、蒙和北方部分汉民地区的传播。在大一统的国家内，空前密切了藏蒙、藏汉等各族之间的思想文化交流，加强了西藏和中央政权的联系。

　　从八思巴开端，终元之世，历朝都以喇嘛为帝师。新帝在即位之前，必先就帝师受戒。帝师也是元中央的重要官员，领中央机构总制院事。总制院后改称宣政院，是中央管辖全国佛教和西藏地方行政事务的机构。因此，帝师不只是喇嘛教和西藏地方的领袖，而且也是全国佛教的首脑。此外，中央又在南宋都旧杭州设置江南释教总统所，任命喇嘛僧统理，直接管辖江南佛教，后并入宣政院。喇嘛教统治着全国佛教。

　　喇嘛僧在元代享有各种政治、经济特权。宣政院曾规定：“凡民殴西僧者，截其手；骂之者，断其舌。”喇嘛教上层实际上成了元代的一个特殊阶层。他们中有些人飞扬跋扈、为非作歹、掠夺财物、残害民众，为害不可胜言。如帝师相琏真伽，元世祖时为江南释教总统，他利用职权，劫掠财物、发掘陵墓、戕杀平民，干尽坏事，事发被查抄时，除金银珠玉之外，有田2万3千亩、私庇不输公赋者2万3千户，将民50余万变为佃户，另有藏匿未露者不计其数。元朝赏赐给大喇嘛的金银财宝，多至无法估计，史书中有“国家财富，半入西蕃”的评语。元王朝最终也陷进了喇嘛教的腐败之中，其中内宫丑闻迭出，是表现之一。

　　元统治者之所以大力扶植喇嘛教，最初的用意在于把它作为沟通西藏关系，羁縻边远居民（包括畏兀儿等）的手段。《元史·释老传》曰：“元起朔方，固已崇尚释教，及得西域，世祖以地广而险远，民犷而好斗，思有以因其俗而柔其人，乃郡县土番之地，设官分职，而领之于帝师。”事实上，信仰的成分甚少，主要是出于“因其俗而柔其人”的政治目的。另外，元王朝作为少数民族上层建立的政权，也有意使喇嘛教在控制汉民族中起作用。

　　元朝虽以藏传佛教为国教，但对其它宗教如汉地佛教、儒教、道教，乃至外来的回教、基督教等，也不排斥，取宽容姿态。汉地佛教与藏传佛教有许多共同点，作为佛教一般，均为历代帝室所崇尚。

　　元世祖忽必烈带头祟佛，他于“万机之暇，自持数珠，课诵、施食”。1261年建大乾元寺、龙光华严寺。1285年，“发诸卫军六千八百人，给护国寺修道”。他对佛事也很热心，1285年，于西京普思寺集全国僧侣4万人举行资戒会7日，并令帝师于各大寺庙做佛事19会。1287年，命西藏僧侣在宫廷以及万寿山、五台山等地举行佛事33会。忽必烈曾自述：“自有天下，寺院田产，二税尽蠲免之，并令缁侣安心办道。”这在宋辽是没有的。

　　此后诸帝对待佛教，大部依世祖的范例办理。如成宗大德元年（1297），建临洮寺，又在五台绝境建万寿依国寺。五年（1031），“赐昭应宫、兴教寺地各百顷，兴教寺仍赐钞万五千锭；上都乾元寺地九十顷，钞皆如兴教之数；万安寺地六百顷，钞万锭，南寺地百二十顷，钞如万安之数。”这种营造大寺院和大规模赐田赐钞的风气，有元一代几乎没有中断。其结果，“凡天下人迹所到，精兰胜观，栋字相望”。两宋以来逐渐稳定、衰退的佛教，又有了新的高涨。据至元二十八年（1291）宣政院统计，当时境内有寺4万2千余所，僧尼21300余人，加上伪滥僧尼，至元代中叶，总数约在百万左右。由于帝室对佛教的多方庇护，一些寺院大量兼并土地，甚至公然侵夺公田、民户。成宗时，常州僧录将官田280顷归为己有；仁宗时，白云宗总摄沈明仁强夺民田2万顷。大德三年（1299）统计，仅江南诸寺即拥有佃户50余万。元代寺院除经营土地，也从事各种商业、手工业活动，各地当铺、酒肆、碾硙、货仓、旅店、邸店等多为寺院所有，比之宋代还要活跃。　

　　元代汉地佛教以禅宗为主流。北方有万松行秀、雪庭福裕一系的曹洞宗和海云印简一系的临济宗；南方有云峰妙高、雪岩祖钦、高峰原妙、中峰明本、元叟行端等所传的临济宗。总的说，曹洞盛于北方，临济盛于南方。

　　行秀在入元后应耶律楚材之请，著《从容录》，其影响稍逊于《碧岩录》，也是文字禅的典范。耶律楚材后应成吉思汗之召，扈从西征，深受器重。成古思汗死后，他被窝阔台任命为中书令，从事“以儒治国，以佛治心”的实践。福裕随行秀出家，先住燕京奉福寺，后住嵩山少林寺，门下弟子相承，绵延不绝，成为曹洞宗在北方的主力。福裕受定宗诏住和林兴国禅寺，受宪宗召诣帐殿奏对称旨，又受世祖“光宗正法”赐号。仁宗皇庆元年（1312），制赠福裕大司空、开府仪同三司，追赠晋国公。

　　海云印简曾为忽必烈说法传戒，住正定临济院，在北方中兴临济宗。他的在俗弟子刘秉忠，在忽必烈时参决军政大事，世祖即位后，负责起草朝仪、官制等典章制度，在元初有很高的政治地位。

　　南方临济宗属杨岐派法系。云峰妙高曾北上参加元世祖召集的禅、教、律三宗辩论。雪岩祖钦得法于径山师范，他的《语录》强调儒释一致。高峰原妙初习天台，后学参禅，成为祖钦弟子。中峰明本得悟于原妙，是元代重要禅僧，丞相脱欢和翰林学士赵孟烦等曾从他学禅。他的弟子天如惟则在前人基础上，进一步提倡禅净合一。以上为克勤下虎丘绍隆一系所传。元叟行端则为克勤下大慧宗杲一系所传，大约与明本同时，他的弟子楚石梵琦也是当时知名的禅僧。

　　受宋代佛教影响，天台宗在杭州、天台一带仍继续传播。活动于杭州的湛堂性澄，于英宗至治二年（1321）应召入京校大藏经，其弟子玉岗蒙润住杭州下天竺寺，著《天台四教仪集注》，为天台宗的入门著作。性澄另一弟子绝宗善继住天台山，晚年专修净土。

　　元代华严宗仍主要传播于五台山。仲华文才为五台山佑国寺主持，其弟子有五台山晋宁寺的大林了性等，有一定影响。

　　在传统佛教宗派外，元代江南地区还流行白莲教和白云宗等教团。

　　白莲教是在宋代结社念佛、净土信仰广泛发展的情况下产生的。它在初创时期是佛教的一个世俗化教派，但在后来则演化为民间秘密教团。

　　白莲教创于南宋初年江苏吴郡延祥院僧人茅子元。据《莲宗宝鉴》，茅子元先学天台教义，习止观禅法，后慕东晋慧远莲社遗风，“劝人归依三宝，受持五戒”，“念阿弥陀佛五声，以证五戒”；制定晨朝礼忏仪，劝人信仰西方净土。他在江苏青浦县的淀山湖边，建立“莲宗忏堂”，修持净业，自称“白莲导师”。他提倡吃斋念佛，不杀生，不饮酒，男女僧俗共同修持。因其断肉食菜，故又名白莲菜。

　　白莲教的教义以为，净秽迷悟只是一心作，根据心的染净程度，众生所生净土才有高下差别，因此，它要求把修心与修净土结合起来。在民众中得到迅速传播。绍兴初年，当局以“食菜事魔”的罪名将茅子元流配江州（江西九江），三年（1133）被赦，宋高宗召见，并赐“劝修净业莲宗导师慈照宗主”的称号。子元死后，小茅阇黎等人继续倡导，使白莲教盛行于南方。

　　元代白莲教与民间信仰逐渐融合，群众基础日益广泛，政府屡屡感到不安。武宗至大元年（1308），诏令“禁止白莲社，毁其祠字，以其人还隶名籍”。由于庐山东林寺普度撰《庐山莲宗宝鉴》，解释子元白莲教正义，加上白莲教其他上层人物的积极活动，一度恢复它的合法地位。但白莲宗的下层则转向秘密发展，教义也有变化，成了鼓动和组织农民反抗统治者的手段，终于导致了元末农民的大起义。

　　白云宗原属华严宗的一支，又名白云菜或十地菜，是北宋末年居杭州白云庵的沙门孔清觉（1043—1121），提倡菜食为主，吸引在家信众而建立的一个团体。

　　清觉以为唯《华严经》教义是“顿教”，属“菩萨十地”中第十地，因而是引导众生成佛的“佛乘”，需要特别加以弘扬。他依据华严宗圆融无碍之说，着力提倡儒释道三教一致，认为儒教明乎仁义礼智信，忠孝君父；佛教慈悲救苦，化诱群迷；道教则寂默恬淡，无贪无爱。虽然各有特点，其义则一。白莲宗僧人可娶妻生子，白云宗则不许娶妻，但强调信徒要耕稼自立。其余在戒荤戒酒戒杀等方面两宗大体相同。在浙江西部农村中，白云宗得到很多信徒，据说往往有以修忏念佛为名。男女混杂秽乱的情况，被视作“邪教”。政和六年（1116），清觉被发配广南恩州（广东恩平），四年后获释。南宋嘉泰二年（1202），有奏曰：道民“吃菜事魔，所谓奸民者也。自植党与，十百为群，扶持妖教，聋瞽愚俗。或以修路建桥为名，或效诵经焚香为会，夜聚晓散，男女无别，所至各有渠魁相统……假名兴造，自丰囊囊，创置私庵，以为逋逃渊薮”，请禁止流行。宁宗准奏。

　　到了元代，白云宗一度有较大发展，杭州南山普宁寺成为该宗中心。该寺住持道安组织雕刻了又一部大藏经，名《普宁藏》，除了复刻宋代思溪《圆觉藏》外，还加入了白云宗的撰述和元代新译经。元仁宗延祐七年（1320），白云宗再次遭到严禁。