萨迦派由贡却杰布创始于11世纪70年代。贡却杰布（宝王，1034—1102），自称是吐蕃贵族昆氏家族的后裔，亦名昆·贡却杰布。

　　萨迦派的主要教法渊源于卓弥译师，卓弥曾到印度学法多年，回藏后，修建牛古城寺，收徒传法，着重阐扬“道果”教授。贡却杰布以在家居士身份，用许多黄金向卓弥学法。他和他的家族原来都是宁玛派信徒，修持旧派密咒法，从卓弥改学“道果”。1073年，他在后藏萨迦地方建造萨迦寺，遂成为此派创建的标志。

　　贡却杰布在西藏佛教诸派中是第一个直接以世俗贵族身份成为教主的，他还决定法位的传承只能限在本家族内部，从而使政教二权都集中在一个家族之手。

　　贡却杰布死时，其子贡噶宁布（庆喜藏，1092—1158）方10岁，寺院暂由巴日仁波且代管。贡噶宁布努力学习佛教知识，成年后继教主位，并建立了完整的“道果教授”，使之成为该派的核心教法，萨迦派势力由此得到很大扩充，他被尊为“萨钦”（萨迦大师），列为“萨迦五祖”之首。

　　“萨迦二祖”是贡噶宁布的次子索南则摩（福顶，1142—1182），幼年从父学萨迦教法，后又向噶当派桑浦寺洽巴却吉僧格学习中观、因明及各种显密教法。1172年，把法位传给他的弟弟扎巴坚赞，自己去曲弥寺讲经修证。扎巴坚赞（1147—1216），是“萨迦三祖”。幼年从月幢大师受梵行五戒，学习佛法，据说11岁时就能进行教义的答辩。到“萨迦四祖”贡噶坚赞（庆喜幢，1182—1251），萨迦派开始了突变性的发展。

　　贡噶坚赞是扎巴坚赞的侄子，自幼随伯父学习祖传萨迦显密经典教法，并习因明等大小“五明”。年27，从喀且班钦释迦室利受比丘戒。除萨迦教法外，他对噶当派、希解派的教法也很精通。著有《正理宝藏论》、《分别三律仪论》等。他写的哲理性文学著作《萨迦格言》，在藏族文学史上有极高的声誉。此外他还通晓梵文和祝夏语（祝夏即唐称的勃律）。因为他很有学识，被尊为“班智达”，在他名字前常冠以“萨班”，意为萨迦班智达。据说曾有6名南印外道来藏，在基仲地方同萨迦辩论13天，最后失败，皈信佛法，宗萨迦教法。因此有萨班“美声令誉，遍于大地”之说。

　　萨班时期的萨迦派，以“教政合一”的形式，直接控制着当地政治、经济和宗教、文化，成为卫藏地区最强大的实力集团。正值此时，蒙古族军事力量开始西征。

　　据传，1206年，成吉思汗率兵到达青海柴达木盆地，曾写信给“三祖”扎巴坚赞，表示愿意皈依佛法，由此揭开了蒙藏关系的新篇章。13世纪40年代，蒙古统治者着手进军西藏。

　　成吉思汗之孙太宗窝阔台的二子阔端，领兵驻扎凉州。1240年，大将达尔汗台吉多达那布领兵抵达藏北热振寺一带。他了解到西藏各地封建割据势力同佛教诸派紧密结合的特点，认为与其单靠武力统治，不如选用势力最强的教派协同治理。于是向阔端建议与萨迦派通好，扶植萨迦派的发展，被阔端采纳，于是在1244年写信给萨班，请他赴凉州晤面。1245年，萨班派他的两个侄子——10岁的八思巴和6岁的恰那多吉先赴凉州，他和卫藏地区各种势力交换意见后，于1246年到达，次年与阔端晤面，并为阔端治好了病，深得阔端信服。经双方磋商，议定了西藏归顺蒙古的条件，由萨班给卫藏各僧俗地方势力写信，劝说他们一起归顺，这就是著名的《萨迦班强巴贝邀请，经亚东进藏，弘传佛教戒律，由此形成了喀且班钦戒律传承。智达致乌斯、藏、纳里僧俗诸首领书》，信中详述了归顺与否对于佛法和世俗权力的利害关系，以及西藏地方行政制度、派官设治、缴纳贡赋、萨迦与其他官员僧俗共管西藏事务等意见，奠定了1279年以后元朝中央对西藏地方行使行政管理的基础。萨迦派由此也取得了卫藏地区在政治和宗教上的领袖地位。

　　据传，萨班在凉州也曾讲经说法，被分别译成蒙古、畏兀儿、汉语和当地藏语。他还用古畏兀儿文的字母字形，创制了蒙文字母。佛教和以佛教为载体的文化，由萨班开始向蒙古流传，八思巴继承并大大开拓了这一事业。

　　八思巴（1235—1280）意谓圣者、神童，是人们对他的尊称，原名罗追坚赞（慧幢），是“萨迦五祖”。史书中说他“幼而颖悟，长博闻思，学富五明，淹贯三藏”。1252年，忽必烈南征大理，招降吐蕃，翌年，召见八思巴，留在身边，并从受密教灌顶。1255年，奉命回藏受比丘戒，尔后回到忽必烈驻地（后之“上都”，今内蒙古正蓝旗境），1258年，忽必烈奉蒙哥汗勅主持佛道二家优劣之辩，佛方17人由八思巴为首，道方自认失败，道士落发，道观改为僧寺。1260年，忽必烈即蒙古大汗位，封八思巴为国师，赐象征权力的“玉印”，由此开创了元朝历代帝王任命帝师的作法。1264年，忽必烈迁都燕京，在中央设置总制院，掌管全国佛教事务和西藏地方行政事务，命八思巴国师兼领总制院事，协助中央对西藏的管理。具体规定，西藏行政事务由“本钦”总管，宗教事务由“国师”掌管；但国师对任命“本钦”有建议权。八思巴推荐释迦桑波为第一任本钦，由元世祖任命，并赐“卫藏三路军民万户”印，从此确立了西藏地方由中央掌管的制度和机构，也体现了中央政府对西藏直接管辖的完全主权。

　　至元六年（1269年），八思巴奉忽必烈之命创制“蒙古新字”成功。新字仿照藏文字母，共41个，可拼成千余音节。同年，诏令颁行，规定凡诏书及官方公文，一律改用新字，兼以各族通用文字。次年被加封为帝师。1276年，八思巴回到萨迦，请求朝廷免除西藏寺院一切捐税负担，驿使和官兵不得沿途住宿寺院。这些请求由朝廷批准，作为规定一直延续下来。1280年，八思巴去世，忽必烈赐号“皇天之下一人之上开教宣文辅治大圣至德普觉真智佑国如意大宝法王西天佛子大元帝师”。

　　在元朝中央的大力支持下，萨迦派的政治、经济力量和社会影响空前加强，成为西藏居领导地位的教派。八思巴的家族和萨迦派教徒倍受朝廷重用，受封为帝师的有十余人，被封为王、司空、国公和各级官吏的更多。以八思巴叔侄为代表的萨迦派上层同元朝的关系，是统治阶级内部上下级的隶属关系，都是从各自的政治、经济利益出发考虑的。但他们的活动在客观上顺应了各民族共同缔造自己国家的历史潮流，延续和发展了西藏自古以来同中央政权的隶属关系，密切了汉藏蒙和新疆、青海诸民族间的联系，推动了经济文化交流，具有重大的历史意义。内地的印刷术、造船、建筑等技术先后传入西藏，西藏的佛像雕塑、造塔、工艺等技术也传入内地。民间的往来日益频繁起来。

　　自14世纪上半叶，元朝开始衰落，萨迦派失去了中央政权的强大支持，卫藏地区新的教派和封建集团崛起，加上内部纷争，萨迦派逐渐式微，仅保持法王的称号和官衔。1354年，帕木竹巴绛曲坚赞消灭了萨迦地方政权，取其辖地。

　　从此，萨迦派政治失势，逐渐向纯宗教领域复归。

　　萨迦派教义以“道果法”为核心，认为只要断除“烦恼”，获得“一切智”，就是达到“涅槃”之“果”。按照这一基本思想修持，形成三个次第，即：“首应破非福，次则破我执，后除一切见，知此则为智”。

　　“首应破非福”。“非福”，指死后要得恶报的那类“坏事”，修法者首先要把“非福”抛掉，决心不做恶业，专行“好事”。由此求得来生“三善趣”（即人、天、阿修罗）的果报。

　　“次则破我执”。“我执”，指关于“我”和实体实有的观念，这种观念被认为是一切苦恼的根源，必须破除，才能超脱。因此，要求修行者证悟诸法“皆非实有”、“一切皆空”的道理，由“无我”之空慧彻底断除“我执”，从而摆脱“轮回”之苦。

　　“后除一切见”。这里的“一切见”，既指非佛教的认识，也指佛教自称的“正见”。那种认为宇宙万物一切实有的见解，叫做“常见”，固然应该破除；但认为“一切皆空”，甚至心识、涅槃、因果报应、善恶等也是当真空无所有，叫做“断见”，同样应该破除。如果修行者除掉“断、常”二见，就能获得“一切智”，成为“智者”，即真正悟到佛法的人。

　　萨迦派的全盛期，在蒙古、汉地、康区、安多和卫藏各地都建有寺院。随着它的衰落，在外地的寺院也相继破败。保存下来的唯有四川德格的贡钦寺为最著名。它本名伦珠顶寺，是第四十一代德格士司坚巴彭措时所建，他的长子任寺主，次子继承土司，形成制度，政教大权世代由德格土司统一掌握，所以没有活佛。1550年，该寺建成印经院，影响扩大。此外，艾旺却丹寺于1429年建在纳塘和夏鲁之间的俄尔地方，故又名俄尔寺，是萨迦派在后藏传播密宗的重要场所。多吉丹寺，1464年建在山南贡噶以东，也以传播萨迦密法为主。在萨迦以西拉孜以南有名叫图丹根培寺的，也属萨迦派所有。

　　萨迦派亦称花教，是因为它的一个支派俄尔派寺院把垣墙涂以红、白、青三色而得名。