佛教的神秘主义倾向，自有文字记载以来就不讳言。其中最明显的是禅定对于“三界”的体认与“神通”的构想。“三界”是佛教关于世俗世界基本结构的设想，源于禅定所达到的心理和生理状态，凡是遵循经典禅法修习的人，大概都会获得类似的体验。所以由此建立的三界宇宙，佛教各派从来没有异议。至于“神通”，早期佛教分为神足、天眼、天耳、他心、宿命等“五通”，也为印度“外道”所习，被称为“五通仙人”，中国道教中则吸收来构画自己的“神仙”群。佛教的正统派别，贬低神通，或提出“漏尽通”以补救“五通”的世俗性质，但并不绝对排斥；在向民众弘法过程中，还往往以灵异眩人，诱慑信徒。这是佛教向密教转变的内在根据。

　　包罗万象的杂咒、星占和卜算，曾对佛教向民间的扩展提出严重的挑战。佛教的人生哲理和终极目标，并不能满足在现实苦难中煎熬的广大民众的迫切需要，倒是原始的巫术更能解答与你们切身生活攸关的各种疑难问题。因此，尽管杂咒巫术受到早期佛教的激烈抨击，且始终为佛教正统所不齿，但它毕竟渗透到了佛教内部，并成为向大乘佛教转化的重要契机。三国吴支谦译介《微密持经》，即已将持咒当作“必成至觉道”的捷径。更普遍一些的，是将杂咒巫术当作保卫佛 弟子、维护佛权威、争取民众归依的手段。

　　此后，佛教继续向婆罗门教和其它地区及民族吸取民间信仰，包括吸收中土的方术和道教，使密教法门越来越多，除陀罗尼（咒术）、星象之外，又增添了护摩（火祀）、曼荼罗（结坛作法）、印契（手式召神）、灌顶（表征必定成佛）、书符以及供养、大乐、双修和对其它种种佛菩萨天神恶神崇拜。特别是将传统的禅法，提升为专门的瑜伽术，把大日如来（毗卢遮那）确定为永恒的、遍及一切、冥冥中可起万能作用的神秘力量；其后又把瑜伽的内证“观想”，与“大日”的外部“加持”结合起来，从而把一切密教法门统帅起来，形成了一个包容一切佛说和神变，自称可以随心所欲，无所不能的庞杂体系。就其宣称的功能言，首在护国卫土，保家安身，所谓禳灾致福、预卜吉凶、忏悔消罪、诅咒禁制之类；但就佛教本身修持者言，却重在养生长寿，迅疾成佛，得大安乐。力图给密教以理论上说明的，最早可以上溯到288年译出的《密迹金刚力士经》、北凉译《方等大集经》及418—421年译出的《华严经》等。但考虑到对后来密教形成诸大派别的影响，一般认为首先是《大毗卢遮那成佛神变经》，即《大日经》，将密教法门和仪轨，从理论高度上组织起来。此经可能在7世纪已流行于西南印度，由唐善无畏于724年译为汉文，被称为密教“胎藏界”的根本经典，据此形成的派别称“真言宗”。或“右派密教”，亦称“真言救世者”。

　　《大日经》以日喻“如来”，它遍照法界，能平等开发无量众生“种种善根”，成办世间出世间一切“殊胜事业”。其所以能够发挥这种作用，在于它所体现的佛理遍存于一切众生心中，即“自性清净心”，或所谓“菩提”（觉）。人们根据清除覆障、现观自心本性的程度，感受“如来”相应的神变“加持”，达到预期的“苏悉地”（成就）。在这里，“如来”只是一种随缘感召才能体认到的因素，“缘谢则灭，机兴则生，即事而真，无有终尽”。因此，就个体修习者言，“菩提”才是真正成佛之“因”。据《大日经》，菩提是一种完全无规定性的心体，形同“虚空”，心、空、菩提三位无异，欲证菩提，当证自心，所以成佛之道，毕竟还在观心。这些观点，与中国禅宗的理论没有大的区别。但《大日经》不止于此。它在提出菩提心的同时，又强调“大悲为根本，方便为究竟”。“大悲”之旨在“救世”，不容个人孤证；由救世之心所生“曼茶罗”，能产生“我即本尊，本尊即我”的心理效果，在一定的仪轨导引下施作“神变”，说法度人，满足信众各种愿望。所指“方便”，范围极广，随顺不同时方，无论出家在家，凡能吸引信徒的一切手段，均可称为“方便”。在密教实践中，方便被当作“菩提”和“大悲”的表现，原来的手段也就变成了目的。

　　当然，密教的最终目的还是成佛，而且要为成佛提供最快捷的方法，《大日经》称之为“即身成佛”。它把这修行得果的全过程，概括为“三密”修持，“五相”成身。“三密”指手结契印，口诵真言，意观“菩提心”，亦即赋与身语意一切言行以神秘主义的含义。据认为，借此能够具备一种以“金刚心”和“金刚身”为特征的“无上菩提”，这就是佛本尊了。

　　约在7世纪末，在东南印度又产生了《金刚顶经》，据此形成的派别称作“金刚乘”，或“左派密教”，或“特罗派”。723年，唐金刚智译出《金刚顶瑜伽中略出念诵经》，继之，不空又译《金刚顶一切如来真实摄大乘现证大教王经》，到1012—1015年，还有《金刚顶经》的全译本。

　　实际上，《金刚顶经》与《大日经》在哲学基础上并无原则区别，但更强调众生“自性清净”、与毗卢遮那“佛心”的聚结，认为前者流入后者，能够聚生极坚固物，成大欢喜形，被称作“金刚体”，也就是他们追求的佛身。这种自性心与佛心的结合，都需要在瑜伽三摩地（禅定）中完成，因此，瑜伽实践就成了金刚乘的主要特点。

　　《金刚顶经》突出认为，自性清净心是随“染欲”自然存在的；要达到“离欲”清净的目的，必须采取以染害欲的手段，使修持者在受用安乐中得到“调伏”。此中弘法者要满足信众爱乐的需要，按信众“意欲”说教；信众对弘法师长，则要无条件供养，尤其是以身供养和“由贪染供养”。佛法的这种授受关系，是在“金刚曼茶罗”中完成的。入此曼茶罗者，不管是为了饮食还是为了染着，都可以得到满足。

　　这里的“染欲”等，主要指两性关系言。左派密教中的“大乐”一系，就专以性关系为解脱。宋代汉译《一切如来金刚三业最上秘密大教王经》（1002年）、《最上根本大乐金刚不空三昧大教王经》等，是“大乐”思想的代表作。他们认为，五欲本性空，亦即本性清净，本性解脱；因此，要求离欲调伏世间人，并不能达到真正清净，“云何清净法？谓大欲大乐”。

　　演说大欲大乐，成就“大妙乐”，并使之永恒，被认为是既有利益于诸有情，也是成佛的更便捷之路。其它密教还讲“即身成佛”，“大乐”系更提出“刹那成佛”。认为一切犯杀盗等应下无间地狱的众生，入此秘密法中，也悉能“成就诸佛自性”。

　　“大乐”一系的金刚曼茶罗，也需要持咒诵经，有一套烦缛的仪轨，此后逐步简化，要求一切秘密践行，全在导师教授下进行，被称为“易行乘”。此后密教又发展出一种“时轮乘”。它以《时轮经》为典籍，认为现实世界将同“时轮”一样消逝，只有那创造一切的“最初佛”才是永恒的。人的身体由“生命之风”维系，通过瑜伽修持，控制“生命之风”的运行。能够使生命超越时间流转的影响，变人身为佛身，得到永生。

　　密教发展到后来，由神密主义走向肉欲主义，宣告了印度佛教的终结。但密教也不全是荒谬与淫秽。它的瑜伽中包含健身和养生术，是值得发扬的遗产。它提供了大量心理治疗、心理变态和精神异常的现象，从心理生理学和精神病学及医学角度，是应该予以研究的。

　　密教在佛教内部原是作为非合法潮流成长起来，虽然流布很广，却无严密的组织和传承，所以很难确切把握它产生的时间和地区。但至少到7世纪，它已经接过中观学派和瑜伽行学派的理论武器，构成自己的哲学基础，渗透到了几乎所有的佛教国家和地区，成为最强大的佛教势力。

　　在印度，密教走进经院学派的殿堂，成了中观和唯识两大学派最重要的实践内容。据义净记，他在那烂陀寺期间（675—685），那里的密教已经有经常活动，他曾“屡入坛场，希此心要”。传说有《持明咒藏》10万颂，合汉译300卷，龙树特精斯要。龙树有弟子难陀，持咒有感，撮集明咒万2千颂，深为陈那所赏识。从由唐来印专求密法的道琳之足迹看，除那烂陀外，东起耽摩立底国，南向南天竺国，西至罗荼国，都有“咒藏”、“玄谟”、“灵坛”可以访参。

　　到8世纪，密教有一个突发性的发展。唐代密宗三大家的善无畏，即出身那烂陀，从达摩掬多学习密法，所传《大日经》，带有浓厚的经院派色彩。金刚智在那烂陀受具，从寂静智学声明论，“尤工秘术，妙闲粉绘”（指曼茶罗）。对后来西藏佛教影响很大、并邀莲华生入藏的寂护，曾任那烂陀寺主，他创立的瑜伽中观派，与密教将唯识和空观混合运用的情况相同。这些迹象说明，那烂陀寺由显密共修，明显地向密教倾斜。大约在8世纪后半期，波罗王朝在恒河右岸建起了规模宏大的超岩寺，成为密教发展的又一中心。此寺的创立者达摩波罗王所封国师师子贤及其弟子，都是既弘扬般若空观，又倡导密教的著名人物。11世纪入藏的阿底峡，从学于那烂陀，曾任超岩寺首座，那时另有7名知名的显密大师，并称超岩寺“八贤”。

　　但密教的发达并不止于上述二寺。自8世纪以来，密教逐步占领了印度所有的佛教领地，其与印度教和民间巫教的界限，实质上已很难区分。它北传乌苌、于阗，一度成为唐中期最显赫的教派，在吐蕃据有很大势力；南以斯里兰卡为基地，对介乎中印之间的南洋群岛和中南半岛诸国，也发生过巨大影响，为许多王朝所推崇。朝鲜和日本则经过中国的桥梁，相继传进。一时间，密教在世界佛教中也成了压倒一切的教派。

　　与此同时，密教受到了两方面的抵制或反对：一方面是来自社会和其它思潮的；另一方面是来自佛教内部的。到12—13世纪，在印度和南洋群岛诸国，伊斯兰势力最终消灭了佛教。密教首当其冲，受到打击；在斯里兰卡，密教与上座部佛教，经过长期较量，也以失败告终。密教在中南半岛诸国的经历，与此大体相近。中国密宗的命运不长，尽管在北宋时期还引进过大量密典，但儒家的伦理观念与佛教禅宗他的倾向，使它缺乏在中土发展的适宜气候；倒是藏传佛教重新兴起，由于同苯教的结合及政教合一的体制，才使密教得到充分的表现，一般称为“藏密”或“西密”。在藏密和缅甸密教的影响下，云南大理地区也有密教长期流行，它与当地少数民族的政治和原始信仰结合，也有颇强的生命力，俗称阿阇梨教，亦名“滇密”。日本从中国传回去的密教有两支：由空海建立的真言宗，称为“东密”，由最澄、圆仁所传天台宗密教，名曰“台密”。

　　密教为印度佛教敲响了最后的丧钟。12世纪末到13世纪初，随着伊斯兰教的侵入，以那烂陀寺和超岩寺的毁灭为标志，佛教基本上被驱出了印度国境，密教占据佛教优势的时代也宣告结束。但它作为佛教的一个派别，在一些国家地区依然长期流传。