斯里兰卡佛教在大乘思潮的不断冲击下，促使无畏山寺内部发生了分化。公元4世纪初，哥塔巴耶王即位（309年）后，一个叫乌西利那帝沙的长老率领300僧人离开了无畏山寺，到南山寺另辟据点。其中的萨伽利（意译为“海”）长老，后来主持了大军王（334—362年在位）赐予的祇陀林寺，倡导大乘中观派主张，被称作祇陀林寺派。这是斯里兰卡佛教史上的第二次分裂，由此形成了与大寺派和无畏山寺派三足鼎立的局面。

　　佛教大乘思潮并不都受到国王们的欢迎。据《大史》记，哥塔巴耶王就曾对无畏山寺的方广部采取严厉的制裁，将该部60名僧人驱逐到南天竺的注辇（朱罗）国。此后诸王对大乘佛教也多半实行限制政策，到12世纪，正式取缔了祇陀林寺派。当然，这并不意味着大乘思想对斯里兰卡佛教没有深广的影响，就在大军王统治期，斯里兰卡的史籍提到了第一尊大乘菩萨像的出现。汉译《六度集经》中的菩萨行故事，在南传三藏中也有保存。

　　继承大军王位的是室利·弥伽婆拉（362—409年在位），从印度羯陵伽国（哥达瓦里河以北，孟加拉湾沿岸）迎来了佛牙和部分舍利，并由国王亲自安置在宫中，无畏山寺的长老主持了盛大的奉祀典礼。这是斯里兰卡佛教史上的大事，也是文化史上有意义的事件。此后每年一度，都要将佛牙从王宫迎往无畏山寺供养。佛牙成了斯里兰卡的国宝，佛牙出行成了举国欢庆的节日。据说，以后在楞伽岛上只有真正拥有佛牙的人，才能够成为国主。如今，佛牙保存在康提的佛牙寺中，被视作文化传统的一种象征。

　　公元410年，法显抵达师子国。时国王笃信佛法，净修梵行，佛教大为兴旺；城内四衡道头都有“说法堂”，每月三次铺施高座，道俗四众皆集听法。共有僧众5、6万人，由国王于城内供养者约5、6千人。无畏山寺有僧5千人；寺东40里，有支提精舍，可有2千僧；城南有摩诃毗可罗精舍（大寺），有3千僧住。王为众僧每造新寺，乃选好上牛一双，令其自耕四边，然后割给民户和田宅，书以铁券。众寺建有僧库，多储珍宝、无价摩尼，王者为之生贪。

　　法显目睹了每年8月佛齿出行的壮观场面。出行的前10天，饰王者骑象击鼓，演唱菩萨为众生苦行成佛的种种故事，道路两边作菩萨500身以来的种种变现，然后佛齿出中道而行，随路供养到无畏山寺佛堂。道俗云集，烧香燃灯，种种法事，昼夜不息，满90日始还归城内。

　　如果说无畏山寺是法事的中心，而支提寺则有大德达摩瞿谛，大寺亦有高德沙门，并为国人和王者所宗仰。法显在这里两年，更求得《弥沙塞律》、《长阿含》、《杂阿含》和《杂藏》等。据此可见当时的斯里兰卡尚非上座部一系的世界，化地部就相当流行。到法显的时代，师子国已成为南方佛教的重要圣地。

　　公元412年，其国律师僧伽跋尼在东晋庐山传律，译出《弥沙塞律抄》一卷。429和433年，先后两批师子国尼众共19人来到宋都，在转道师子国来华的求那跋摩的主持下，为宋境尼众3百余人重新次第受戒。为供养师子国尼众而建造的寺院名铁萨罗寺。铁萨罗是她们的领袖。488年，师子国觉音所注忧波离集的律藏，即《善见律毗婆沙》传来南齐，由僧伽跋陀罗在广州译出。其中载有“众圣点记”，是确定佛灭时代的重要依据。与肠宾南北相望，师子国也是向外传播戒律的一大基地。

　　撰写《善见律毗婆沙》的觉音（亦译佛音），是南传佛教史上最重要的学者，5世纪生于印度菩提伽耶的一个婆罗门家庭，随勒婆陀大德顶受佛法，后遵师嘱去斯里兰卡。他将僧伽罗文的三藏佛典译成巴利文，并对当时的许多佛教著作作了注疏。

　　他的代表作是《清净道论》（无汉译本），据说就是在优波底沙所著《解脱道论》基础上扩大而成的。后者在梁代（515年）被译成汉文。《清净道论》用戒、定、慧三学组织佛教全部学说和实践，确立了南传佛教独具特色的禅法体系：持戒是修禅的前提和保证，修定在于对治贪瞋痴等诸种烦恼，和观想思维早期的佛教教义，由此证得佛教真理，达到所谓无相、无愿、空“三解脱门”，此即谓之“慧”，“三解脱门”是大乘系统中的重要部分，不过《清净道论》更发挥了小乘佛教对于禅心理和禅过程的细腻分析，相当烦琐。